Özel bir durum olarak, kanama bozukluğu bulunan çocuklar mümkünse sünnet edilmemelidirler. Ancak sünnet işleminin erkekliğin bir gerekliliği olarak görüldüğü ülkemiz gibi toplumlarda sıklıkla bu mümkün değildir. Bu çocuklar uygun koşullar sağlanarak bir hekim tarafından sünnet edilmeleri gerekirken, bazı durumlarda aileler yeterli önlem almadan çocuğun hayatını tehlikeye sokarak sünnet ettirmeyi göze alabilmekte ve ciddi kanama sorunları yaşamaktadırlar. Avrupa üroloji kılavuzunda, bu hastaların kanama durdurucu ajanlarla veya “diatermik knife” yöntemi ile sünnet edilebilecekleri belirtilmektedir .

Sünnet küçük bir cerrahi girişim olarak görülse de, her cerrahi girişim gibi yeterli deneyim olmadan özensiz ve uygun şartlar sağlanmadan yapıldığında çeşitli sorunlar çıkabilir. Yenidoğanlarda bu oran %0,2-0,6 iken 1-9 yaş arasında %2-6 arasındadır. Eğer gömük penis, idrar deliğinin aşağıda olması gibi doğumsal anomaliler varsa mutlaka bir çocuk ürolojisi uzmanı görmelidir. Erken dönemde ağrı, kanama, şişme, yetersiz cilt çıkarılması gibi küçük komplikasyonlar olabileceği gibi nadiren ölüm, penisin baş kısmının kesilmesi gibi ciddi komplikasyonlar da gelişebilmektedir.  Geç dönemde ise ağrı, enfeksiyon, alttan penisi aşağı doğru çeken cilt köprüsü, idrar yapamama, yara ve delikler görülebilir.

Sünnet idrar yolu enfeksiyonlarını azaltmaktadır. Sünnetin cinsel yolla bulaşan sifiliz, AIDS gibi hastalıklara yakalanmada koruyucu bir faktör olduğu gösterilmiştir.  Sünnet cinsel fonksiyonu, sertleşme süresini ve penil hissiyatı etkilememektedir.  Sünnet olmamış vakalarda penil hijyenin oldukça düşük olduğu, bunun da fimozise ve kronik inflamasyona yol açarak penil kanser riskini artırdığı belirtilmiştir.

Sonuç olarak sünnet eğitimli ve tecrübeli sağlıkçılar tarafından, steril ortamda ve uygun analjezi yöntemi ile yapılmalıdır. 3-6 yaş arasında cinsel kimlik gelişiminin olduğu dönem olması ve erkekliğini kaybetme korkusu nedeniyle sünnet yapılmaması önerilmektedir.